洁净厂房合理布局，首先要理顺工艺流程，尽量避免迂回。运行的平面空间要合理，有利于运行维护，并尽量保留闲置面积和空间。这样的设置有利于合理分区，防止混合事故的发生。还有一个问题需要注意。
清洁车间不是越大越好。面积和空间的大小与送风量有关，决定了空调的能耗。这将增加项目的投资成本。但空间面积不能太小，太小可能不方便操作和维护。因此，合理的空间面积设计应考虑设备运行维护的需要。
设备的材质、加工精度、密封程度、管理制度等都与交叉污染有关。因此，除合理布置洁净车间外，还需提高设备自动化水平，形成联动生产线，减少操作人员，减少人员活动频率。应设置空调净化系统，出风口应配备过滤设备，以尽量减少这些药品的污染。
对不同洁净度的洁净室、产生粉尘和有害气体的洁净车间、排放介质毒性大和易燃易爆气体的岗位，分别设置局部排风系统。洁净车间设置专用人流、物流通道。人员应按规定的净化程序进入，并严格控制人数。物料经清除浮尘后，经缓冲室或转运柜送去。
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